Si ces deux pratiques ont en commun d'être des pratiques instructionnistes, c'est à dire basées sur le fait que la transmission des connaissances par les enseignants est primordiale, elles diffèrent fortement sur plusieurs points. En effet :
La pédagogie explicite consiste à présenter les informations en allant du simple au complexe. On n'hésite pas à fragmenter la connaissance en unités simples. En effet trop d'informations ou trop de complexité au départ empêche la compréhension et donc la mémorisation à long terme.
Une leçon en Pédagogie explicite se déroule toujours de la même façon. Un processus en sept étapes permet la compréhension, l'acquisition et la mise en mémoire à long terme des connaissances. Contrairement à la pédagogie traditionnelle, on ne se contente pas de présenter une leçon et ensuite de proposer des exercices. Lors de ces étapes, on vérifie constamment la compréhension des élèves de façon active (rétro-action).
L'un des objectifs de la Pédagogie explicite est la réussite d'un maximum d'élèves. On ne va au bout d'une leçon que si au cours des différentes étapes (pratique guidée puis pratique autonome) au moins 80 % des élèves sont en réussite.